De par sa biologie et son écologie, le Pécari à lèvres blanches joue un rôle important dans le fonctionnement des écosystèmes amazoniens. Mais au cours du XXe siècle, cette espèce patrimoniale a disparu de 20% de son aire de distribution historique face aux pressions anthropiques.

Depuis 2013, elle est considére comme « vulnérable » par la Liste rouge de l’Union mondiale pour la nature (UICN),