La mise en œuvre des missions de l’Établissement public dans le cadre des trois enjeux définis pour le territoire est conditionnée à la participation effective de tous les acteurs du territoire, et particulièrement des communautés autochtones et locales qui y vivent. En effet, l’amélioration des conditions de préservation et de valorisation des patrimoines naturels et culturels ne peut s’envisager que par l’implication de ces communautés, qui en sont à la fois les artisans et les premières bénéficiaires. L’ancrage du développement aux valeurs sociales et culturelles des communautés garantit sa durabilité. Ainsi, construire une gouvernance efficace pour les territoires dans laquelle se rencontrent la gouvernance locale et le système administratif et politique français est un principe fort de la charte et se retrouve dans le fonctionnement même du Parc amazonien.

L’établissement public du Parc amazonien de Guyane est doté d’une instance délibérative, le conseil d’administration, et d’instances consultatives : le conseil scientifique, le comité de vie locale et les conseils d'habitants.

Le conseil d'administration (CA)

Instance décisionnaire de la structure, le Conseil d’administration de l’établissement public du Parc amazonien de Guyane est présidé par Jules Deie, maire de Papaïchton. La première vice-présidente est Marie-Hélène Charles, maire de Saül et le deuxième vice-président est Bruno Apouyou, président du Grand conseil coutumier.

Ses 43 membres, issus des collectivités locales, des représentants des populations locales, d’experts de la société civile et des services de l’État, débattent des positionnements stratégiques et fixent les grandes orientations de l’action du Parc national. L’élaboration de la charte, les questions budgétaires mais également les préoccupations des territoires telles que l’orpaillage illégal et les équipements, ainsi que l’avancement des projets portés par le PAG et ses partenaires sont régulièrement présentés, discutés et débattus en CA.

Le conseil scientifique (CS)

Le Conseil scientifique est une instance consultative auprès du Conseil d’administration et du directeur. Ses 27 membres sont des personnalités qualifiées dans les sciences de la vie, de la Terre et dans les sciences humaines et sociales. Ils sont nommés par le préfet. Le Conseil scientifique assure un rôle d’appui et d’expertise sur les questions touchant à ses compétences et certains projets pouvant avoir un impact sur l’environnement.

Il se réunit deux fois par an et mène avec les équipes du Parc amazonien un ensemble de travaux visant à accompagner l’Établissement dans le choix de ses orientations et programmation, ainsi que dans le suivi et l’évaluation des actions et des résultats.

Le comité de vie locale (CVL)

À l’instar du conseil scientifique, le comité de vie locale est une instance consultative. Il assiste le conseil d’administration et le directeur du Parc amazonien de Guyane, notamment en matière de politique contractuelle, de suivi de la mise en oeuvre de la charte et d’animation de la vie locale.

Le CVL est composé de 21 membres qui sont des représentants des usagers, habitants et organismes du territoire, ainsi que des socio professionnels travaillant sur ces territoires.

Mis en place en avril 2011, il permet notamment de faire remonter les préoccupations et propositions émanant des territoires et se prononce sur certains grands dossiers comme la charte. Il s’appuie en partie sur les conseils d’habitants mis en place au sein des 11 bassins de vie des territoires concernés par le PAG.