Issu de la loi du 14 avril 2006 qui réforme les parcs nationaux, le Parc amazonien de Guyane dispose d’un ancrage territorial fort et la gouvernance mise en place dans la gestion de l’établissement donne un rôle prépondérant aux élus locaux, aux autorités coutumières et aux habitants.

Il dispose donc d’un mode de gouvernance propre dont l’instance centrale est le Conseil d’administration, épaulé par un conseil scientifique et un comité de vie locale.

* Un établissement public à caractère administratif (EPA) est une personne morale de droit public disposant d'une certaine autonomie administrative et financière afin de remplir une mission d'intérêt général autre qu'industrielle et commerciale, précisément définie, sous le contrôle de l'État ou d'une collectivité territoriale.